समन्वय अनुभाग उर्वरक विभाग के अन्य अनुभागों/प्रभागों से संबंधित अनुभाग विशिष्ट मामलों को छोड़कर सामान्य समन्वय से जुड़े सभी मामलों से संबंधित कार्य करता है। इसके अतिरिक्त, सीपीजीआरएएमएस पोर्टल में प्राप्त ऑनलाईन शिकायतों के साथ-साथ ऑफलाइन शिकायतें, वीआईपी पत्र, मसौदा मंत्रिमंडल नोट और अन्य मंत्रालयों/विभागों से प्राप्त संसद प्रश्नों, मंत्रिमंडल सचिवालय के ई-समीक्षा वेब पोर्टल, क्षमता निर्माण आयोग द्वारा iGoT पाठ्यक्रमों के कार्यान्वयन का काम भी समन्वय
अनुभाग द्वारा किया जाता है।